Édesapja a Turul nemzetségből származó IV. Béla magyar király (1235 - 1270), édesanyja Laszkarisz Mária királyné, a niceai császár leánya.
Kilencedik gyermeknek született, a tatárjárás idején, amikor a királyi pár a templomosok klisszai várában talált menedéket. Szülei az újszülöttet Isten szolgálatára ajánlották fel, és csodálatos módon a tatárok teljesen váratlanul 1242. márciusában kitakarodtak az országból.
A királyi szülők, fogadalmukat teljesítve, Margitot a veszprémi domonkos apácák kolostorába adták, ahol nevelője Olimpiades asszony lett ott, ahol Krisztus urunk stigmáit viselő Boldog Ilona magyar apáca is nevelkedett. A felnövekvő kis Margit, megértve annak jelentőségét, önként vállalta a tőle várt áldozatot.
A budai várat építő IV. Béla budai várához közelebb, a Nyulak szigetén 1252-ben a domonkos apácáknak új kolostort kezdett emelni, amely 1254-ben készült el. Ekkor ideköltözött a kis Margit, aki 12 éves korában letette a szerzetesi fogadalmat az 1254-ben Budán tartott domonkos általános káptalanon jelenlevő Humbertus de Romanis kezébe.
Szent Margit ezután tudatosan vállalt életáldozatát következetesen véghezvitte és nem volt hajlandó változtatni fogadalmán, amikor a király előbb lengyel kérőjének, majd 1261. nyarán II. Ottokár cseh királynak akarta adni a kezét.
Árpád-házi Szent Margit
1266-ban Margit közvetítésével és neki köszönhetően az évek óta harcban álló IV. Béla és fia V. István ifjú király végre kibékült.
Margit Marcell nevű gyóntatója vezetésével igen szigorú aszkézisben élt, s főként Krisztus szenvedéseiről elmélkedett és 1270. január 18-án halt meg.
A középkori európai művészet igen gyakran, még Fra Angelico is, Árpádházi Szent Margitot stigmatizáltként ábrázolja. A halála után rövidesen megindult szenttéavatási eljárás első, 1272 - 1274-ig tartott tanúkihallgatások jegyzőkönyvei azonban elvesztek. A szenttéavatási per második, 1276-ban tartott eljárásában 110 tanút hallgattak meg, de azokban nincs szó a stigmákról, amelyeket különben minden valószínűség szerint Szent Margit mások elől elrejtett.
Szent Margit szentté avatási eljárása hamarosan elakadt, ennek egyik fő oka az lehetett, hogy az eljárást a Szentszék részéről megindító V. Ince pápa rövid négy hónapi uralkodás után meghalt. Zsigmond király idejében, 1409-ben, majd Mátyás király 1462 - 64-ben hiába szorgalmazták a Szentszéknél az eljárás folytatását és befejezését.
Szerencsére a török elől a pozsonyi klarisszákhoz menekülő apácák az 1276. évi kihallgatás jegyzőkönyvét Boldog Margit testéhez, a koporsójába rejtették. VI. Pius pápa a befejezetlen boldoggá avatási eljárás ellenére 1789-ben engedélyezte tiszteletét. Hivatalosan azonban csak XII. Pius pápa avatta szentté 1943. július 13-án.
Ráskay Lea, domonkosrendi kódexmásoló apáca tollából idézzük a Szent Margit legendából: „Sosem tört ki hangos nevetésben, mert meg volt áldva a szemérem erényével; semmiképp nem hagyta, hogy dicsérjék: a dicsekvő és hiú szavakat mindenestől megvetette. Az isteni szeretet tüzében égett, és szinte szünet nélkül imádkozott lángra gyúlva; A nap első órájától a közös ebédig nem szakította meg imáit. (…) Együtt dolgozott a kolostorban élő szolgákkal. Erején és méltóságán felül osztotta meg velük a munkát: amennyivel felülmúlt mindenkit nemességével, annyival inkább igyekezett a legalázatosabbnak mutatkozni.”